Le Conseil mondial de l'eau est une association loi 1901 à but non lucratif. Le Conseil mondial de l'eau est régi par ses statuts et règlements votés par ses membres lors de son Assemblée générale.

L'Assemblée générale se réunit tous les trois ans en réunions ordinaires et en tant que de besoin en réunions extraordinaires. Elle élit et nomme un maximum de 35 membres au Conseil d'administration. Conseil des gouverneurs conformément aux statuts et au règlement intérieur. Chaque membre dispose d'une voix (indépendamment de sa taille et de son collège) pour élire le Conseil supérieur.
Le Conseil des gouverneurs est l'organe décisionnel de l'organisation. Il rend compte périodiquement à ses membres, afin de décider des priorités sur lesquelles le Conseil mondial de l'eau doit travailler.

Le Conseil des gouverneurs élit son président, qui nomme un Bureau composé d'un vice-président, d'un trésorier et d'autres membres.